一応証明書作成は出来た

とりあえず下で悩んでいた証明書作成の問題ですが、
実にくだらない理由で発生していた事が判明しました。

1.FreeBSDに標準でインストールされている
opensslとportsによってインストールされるopensslでは
ファイルが格納される場所が違う
(/usr/bin/opensslと/usr/local/bin/openssl)

2./usr/binと/usr/local/binとを比較した場合、
自分が使ってるシェルでのPATHが通っている順序から
考えると/usr/bin/を優先して検索に掛かる

3./usr/binに格納されているopensslはバージョンが古い

以上3点を踏まえた結果として
「CA.plで指定していたopensslコマンドは
　古いバージョンの方だった」
というずっこけもいいとこな結末が。

とりあえず上を踏まえてCA.plを編集し
再び実行、今度は正常にキーが
発行された事を確認しました。

実際の操作はこんな感じで。
各項目のいくつかのデフォルト値は
/usr/local/openssl/openssl.cnfで変更済みです。
# ./CA.pl -newca
CA certificate filename (or enter to create)

Making CA certificate ...
Generating a 1024 bit RSA private key
...................++++++
.....................................++++++
writing new private key to '/usr/local/cert/CA/private/cakey.pem'
Enter PEM pass phrase:
Verifying - Enter PEM pass phrase: